馬德里注冊的缺點：

1、注冊國家的局限性
    因為《馬德里協(xié)定》最先是由實施商標(biāo)注冊原則的國家提出的，所以，以取得所屬國國內(nèi)注冊作為申請國際注冊的先決條件，限制了一部分實施商標(biāo)使用原則的國家的積極性。
    馬德里聯(lián)盟成員國目前只有70多個國家，一些同我國貿(mào)易聯(lián)系密切的國家目前還不是成員國。我國企業(yè)無法通過馬德里國際注冊途徑在這些國家取得商標(biāo)注冊。
2、要求以國內(nèi)申請/注冊為基礎(chǔ)
    國際注冊必須以國內(nèi)商標(biāo)申請/注冊為基礎(chǔ)。在《馬德里協(xié)定》項下，申請必須基于相同商標(biāo)的國內(nèi)注冊（取得注冊證書）；在《馬德里議定書》項下，申請可以基于相同商標(biāo)的注冊申請（收到受理通知書即可），因此，在申請的時間上有一定的限制。
3、注冊效力的不穩(wěn)定性
    由于國際注冊要求以國內(nèi)申請/注冊/為基礎(chǔ)，五年后才能與原屬國的注冊脫鉤，因此一旦原屬國的注冊在五年內(nèi)被撤銷，國際注冊也隨之將被撤銷，這一情況被稱之為“中心打擊原則”。