1897年（光緒23年），英國在與清政府簽訂的《中英緬甸條約》中，迫使清政府開放廣東的三水等地為通商口岸，并在三江匯合處——如今的三水市河口經(jīng)濟開發(fā)區(qū)，建立了“三水海關(guān)稅務(wù)司公署”，俗稱“三水關(guān)”，是當(dāng)時廣東的三大關(guān)之一，藉以征收過往船只稅費；1925年，國民黨政府也在同一地點上設(shè)置了“馬口海關(guān)”，直到1949年才撤消。

1986年7月，佛山海關(guān)三水工作組成立，后來發(fā)展成為科級辦事處。

1993年7月，乘三水撤縣建市的東風(fēng)，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，中華人民共和國三水海關(guān)正式設(shè)立！同年10月16日正式掛牌,正式成立。

三水海關(guān)受廣州海關(guān)直接領(lǐng)導(dǎo)，關(guān)區(qū)管轄范圍包括佛山市三水區(qū)的9個鎮(zhèn)（街道）。主要業(yè)務(wù)種類有：監(jiān)管進出境運輸車輛、來往港澳小型船舶、監(jiān)管進出口貨物、征收關(guān)稅和其他稅費，辦理轄區(qū)內(nèi)“三資”企業(yè)、保稅倉庫的注冊登記、報關(guān)員的注冊登記，加工貿(mào)易企業(yè)的合同備案、核銷與執(zhí)行中期的核查、稽查、查緝走私違法活動，編制海關(guān)統(tǒng)計等。